保护区独特的地理环境，奇特地貌特征，丰富的森林资源造就了丰富的自然景观。既有类型多样、色彩丰富、四季变化的森林景观资源，也有活泼可爱、形态憨厚或凶猛无比的动物景观，更有奇山、异石，美丽的山花，秀丽的水体和奇幻的天象景观。

山地景观

水流三江地：保护区内连城县曲溪乡位于海拔1100米的黄胜地，其源流分别注入经福州、漳州和广东潮州入海的福建三大水系，即九龙江、汀江、闽江，因而自古就称为“水流三江地”。

王母点兵：梅花山狗子脑北面，有一方圆十几平方公里的中山草甸地，中央突兀拔起一座高山，是传说中的"王母点兵台"，四周环绕着千米左右几百个连绵起伏的山包，则是驻守山寨的军营。

产“蛋”的山谷：位于大斜村的一座山谷，四周竹木葱茏，谷地中有一长数十米经常年雨水侵蚀形成的布满苔藓的黑褐色卵形巨石带。

此外区内还有奇峰耸峙、怪石嶙峋的庙金山；栩栩如生、呼之欲出的棋盘石、羊角石；神话连篇、充满传奇的金钱吊葫芦、出米石、翠鸟登潭等。

水域景观

由于断裂构造、小断裂、节理裂隙发育，加上降水量大，地形坡度陡，，河床切割深等原因，形成梅花山独特的景观资源。有奇特的清水溪、汶水溪和七口龙潭；壮观的鲤鱼寨瀑布、兴隆瀑布；池水清澈、碧水连天，风光秀丽的梅花山天池；有如神功天造的双车温泉群。

生物景观

梅花山气候宜人，四季长青。由于独特地质地貌，植被、气候等条件因素，形成多层次、多类型的自然旅游资源。区内有天然大径级杉木林王国，古木参天；有中亚热带灌木林景观；有南方红豆杉林；此外还有杜鹃花山、山樱花路。

人文景观

梅花山自然保护区在当地政府的支持下，于1998年率先于全国启动华南虎拯救工程。现已初具规模，该工程项目占地466公顷，区内设有华南虎野化繁育区、草食动物区、森林浴场、水上珍禽区、蛇园等，一方面作为华南虎繁育研究及野化豢养的场所，另一方面作为保护区的一个主要的生态教育基地。此外周边还有丰富的可借人文景观，如古田会议址，永定土楼，龙岩天宫山，崐连城中华性海寺，虎豹别墅，李氏大宗祠等。