南麂列岛国家自然保护区距浙江省平阳县鳌江港56公里离台湾岛约150公里。最大岛屿为南麂岛，面积7.64平方公里，因形似麂而得名。该保护区地处温带和热带的过渡带，受台湾暖流和浙江沿岸流影响，为海洋生物栖息生长提供了良好的场所。是中国建立的第一个海岛海域生态系自然保护区，不仅在海洋生态方面有着重要的研究价值，也是海洋生物“南种北移，北种南移”的资源库。
南麂列岛区内有面积大于500平方米的岛屿52个，主岛—南麂岛面积为7.64平方公里，西距大陆最近点约30海里。它是以海洋贝藻类、鸟类、水仙花及其生态环境为主要保护对象的海洋生态系统保护区。

南麂列岛国家级海洋自然保护区是江浙沿岸流与台湾暖流交汇和交替消长的区域，气候温和，年平均气温为16.5℃，夏无酷暑，冬无严寒，海水终年清澈湛蓝。

南麂列岛国家级海洋自然保护区位于中国浙江省温州市平阳县以东海域，其中心点为北纬27°27′，东经121°25′，总面积为201.06平方公里，其中海域面积190.7l平方公里，是我国建立的第一个海岛海域生态系自然保护区。由23个海岛、14个暗礁、55个明礁组成，总面积20106公顷，海域面积19071公顷。区内贝藻类丰富，是中国海域的重要贝藻类基因库。有海洋贝类403种，约占我国贝类总数的20%；海洋藻类174种，约占我国藻类总数的20%。